蘆筍 新鮮蘆筍富含包括維生素C在內的多種抗氧化營養素。挪威《斯堪的納維亞農業學報》刊登一項新研究發現，微波爐加熱會導致蘆筍中維生素流失。因為維生素C和B族維生素屬於水溶性維生素，穩定性更差，遇水、遇熱、遇光容易遭到破壞。
母乳 很多媽媽將母乳擠入奶瓶存入冰箱，使用時再用微波爐加熱，這容易導致其中重要營養素減少。美國《兒科》雜誌刊登一項研究發現，微波爐加熱的母乳中含大腸桿菌的危險比其他方式加熱高18倍。
西蘭花 西蘭花是最常見的微波食物。然而，美國《食品和農業的科學雜誌》刊登一項研究發現，用微波爐烹飪西蘭花會導致其中抗氧化成分減少97%。而用燃氣灶烹飪西蘭花只會導致其中抗氧化物減少11%。
幹辣椒 幹辣椒中的辣椒素具有揮發性和不穩定性，微波加熱很容易著火。微波加熱過程中，幹辣椒散發出的化學物質會刺激眼睛和嗓子。
大蒜 美國《營養學雜誌》刊登一項研究發現，微波爐加熱1分鐘就會摧毀大蒜中的活性硫烯丙基化合物，使之失去應有的抗癌作用。
冷凍水果 美國《生物電磁學》雜誌刊登一項研究發現，用微波爐解凍冷凍水果容易導致有益健康的葡萄糖苷和半乳糖苷轉變為致癌物質。冷凍水果的最好解凍方法是常溫下自然解凍。