結直腸癌的治療主要是外科手術為主，包手根治性手術和姑息性手術。另外在術前、術中以及術後可輔助以化療治療及放射治療。
結腸鏡下息肉切除術，術後隨訪。
惡性息肉是指腫瘤穿透粘膜肌層到達粘膜下層。對惡性息肉的治療主要為手術切除。對於所有患者，術前均應進行結腸鏡及活檢病理學檢查，以排除其它疾病或病灶存在的可能性。術後應進行定期內鏡隨訪。
根據檢查結果，確定治療方案。外科治療為首選治療方案，常用的手術方法是結腸切除術加區域淋巴結清掃。對有梗阻的情況，可採用改道術或置放支架。術後輔助治療主要為化療。如腫瘤無法切除或身體條件不可允許手術可考慮其它治療方案，如化學治療、放射治療、生物治療等。
對直腸癌患者的治療不僅要考慮手術的根治程度，也要考慮治療對患者生理功能的影響，包括保留正常排便功能/肛門節制功能以及保留泌尿生殖功能等。早期患者可行經肛門區域性切除術。區域性切除後如發現病理標本上有預後不良的因素，則推薦再次行根治性切除。不符合區域性切除指徵的應行經腹根治性手術。
確診時，約50%-60%結直腸癌患者已有腫瘤轉移。常見轉移的部位有肝臟、肺或腹膜。肝轉移是影響結直腸癌死亡率的重要因素。肝轉移對確定能否手術及患者的預後有重要意義。手術治療方案包括;原發灶切除術加肝或肺轉移灶切除，先行新輔助治療，再行手術切除，或在原發灶切除術後化療，再行轉移瘤切除術。
對轉移灶的處理應根據既往是否接受過化療而分別對待。