UFO是使用什麼燃料或能源作動力飛行的呢？這是學者們關注的另一個焦點。顯然，飛碟是不會使用煤、石油、液氫、天然氣等常見能源作動力來源的。那麼核能是否可以採用呢？核能質量小，能量高，用核裂變或聚變的鏈式反應可產生巨大能量推動飛碟飛行。前蘇聯科學家就認為飛碟是利用核聚變推進的，他們認為，在已知的能源類型中，除了核裂變能之外，其他各種能源幾乎都來自太陽這個巨大的核聚變反應堆，而且這種能源形式也是宇宙間普遍存在的最強大的可再生能源。但是學者們忽略了以下幾個方面：
（1）提煉1千克純淨的鈾燃料，需要千噸以上的鈾礦石，不必說工藝複雜，單是開採這麼多的鈾礦石就很費時費力。
（2）用核燃料做動力，除需要複雜的工藝設備外，為了防止核燃料外洩，還必須安裝可靠的遮擋放射線的防護層，而這些防護層又只有水泥、鉛板等物質才能勝任。試想，在外星人空間並不大的飛行器內，安裝如此笨重龐大的動力裝置可能嗎？地球人類到目前為止也只有在潛艇、航空母艦等大型運輸工具上才使用核動力，而無法把它應用在飛機、小轎車上。
（3）關鍵是如果以核燃料做動力來完成宇宙星際之間的旅行，其攜帶量是很大的。有人曾計算過，如果外星人是從距離地球最近的一顆恆星的某行星上出發（距離地球4.22光年的半人馬座的南門二丙星），往返地球一次需攜帶核燃料10噸～100噸左右。顯然，小小的飛碟是容不下那麼多燃料的。
至於其他恆星就更遠了。銀河系的直徑達10萬光年，照此計算，銀河系外某恆星的一顆行星上的外星人，如果他們想到地球上來旅行，就必須攜帶1.18×105噸～1.18×106噸核燃料。如果這些外星人來到地球後還想回去的話，那麼他們還得攜帶加倍的核燃料，這麼多核燃料體積大得驚人，再大的飛船也容不下。可見，核能並非是UFO的動力源。但核能應用在外星人的武器裝備上是完全可能的，也是可行的。