痛風的自然病程可分為4個階段：無癥狀期、急性痛風性關節炎期、間歇期和慢性痛風性關節炎期。有效的治療可以改變痛風的自然病程，若能在早期有效防治高尿酸血症，患者可以沒有「機會」發展為慢性痛風性關節炎。
（1）無癥狀期
此期患者只有血尿酸水準的升高，可為持續性升高或波動性升高，但未發生痛風性關節炎或尿酸性腎結石，此時期也被稱為無癥狀性高尿酸血症。從血尿酸增高到癥狀出現可經過數年到數十年，絕大多數高尿酸血症可持續終身而不出現癥狀，有10％～15％的高尿酸血症患者會發展為痛風。
（2）急性痛風性關節炎期
此期為原發性痛風的最常見首發癥狀，通常多見於40歲以上的男性以及絕經後的女性。25歲以前發病的痛風性關節炎應考慮繼發性痛風可能。首次發作時85％～90％的患者僅侵犯單個關節，最常見的受累部位為第一蹠趾關節，足背、踝關節、膝關節、指關節、腕關節和肘關節等也是常見的發病部位。文獻報道初次發作即為多關節受累的患者僅為3％～14％，且多為老年患者。
典型的急性痛風性關節炎發作前常有誘發因素，如飲酒、飽餐、高嘌呤飲食、過度勞累、精神緊張、關節局部因素等。患者常于夜間熟睡後驟然發生關節疼痛，多在午夜12時至凌晨6時之間或午休後，疼痛進行性加重，12小時左右達高峰。疼痛呈刀割樣、撕裂樣或咬噬樣，難以忍受。發作前多數無任何先兆，或僅有疲勞、全身無力，偶有關節發脹、隱痛、活動不自如等，發作數小時內，受累關節即出現局部紅、腫、熱及明顯疼痛，常有關節活動受限。也可出現急性痛風性滑囊炎、肌腱炎和腱鞘炎。患者可有頭痛、乏力、寒戰等全身表現，合併感染時可出現發熱。
急性痛風性關節炎的初次發作呈自限性，多經數天或數周可自行緩解，通常不超過2周。發作緩解後，患者癥狀全部消失，關節活動完全恢復正常，一般無明顯後遺症。有時發作部位皮膚色素加深，呈暗紅色或紫紅色，伴脫屑、發癢。急性痛風性關節炎在同一關節反復多次發病的患者，一次發病時間為5～10天，隨著病史的延長，每次痛風急性發作的持續時間會逐漸延長，可達30天甚至更久。
（3）間歇期
間歇期指的是兩次痛風性關節炎發作之間的時期。間歇期長短差異很大，大多數患者在初次發作後出現較長的間歇期（通常半年到2年），少數患者可間隔多年後再發，極少數患者終身只發作1次。隨著病情進展，間歇期逐漸縮短。如果不進行治療或治療不規範，每年發作次數增加、發作持續時間延長，甚至發作後不能完全緩解，並且受累關節也會隨之增多。
（4）慢性痛風性關節炎
此期是大量尿酸鹽結晶沉積造成的。痛風患者最終將進入無間歇期的慢性痛風性關節炎期。尿酸鹽反復沉積使局部組織發生慢性異物樣反應，沉積物周圍被單核細胞、上皮細胞、巨噬細胞包繞，纖維組織增生形成結節，稱為痛風石。痛風石是痛風的特徵性損害之一，痛風石的出現標誌著患者進入慢性痛風性關節炎期，多見於未經治療或治療不規範的患者。文獻報道，從急性痛風性關節炎初次發作進展到慢性關節炎期平均為11.6年。此期的特點為痛風性關節炎頻繁發作且發作之後疼痛不能完全緩解，多關節受累，肉眼可見的痛風石形成。
尿酸鹽可沉積於任何關節、肌腱、關節周圍軟組織、皮下組織及內臟等部位。痛風石沉積可引起手指、手、膝或足不規則、非對稱性腫大，也可沉積於尺骨鷹嘴滑車，形成鷹嘴滑囊的囊性膨脹。沉積在跟腱或耳廓形成梭形腫脹。少數可見痛風石沉積在心肌、心瓣膜、心臟傳導系統以及眼瞼。痛風石沉積的進展過程十分緩慢隱匿，雖然本身相對無痛，但其周圍可發生急性炎症。
痛風石隆起於皮下時，外觀為芝麻大到雞蛋大的黃白色贅生物，表面菲薄，破潰後排出白色粉末狀或糊狀物，其中可檢出尿酸鹽結晶，破潰處經久不愈，但由於尿酸的抑菌作用，因而較少繼發感染。當痛風石發生於關節內，可造成關節軟骨及骨質侵蝕破壞、反應性增生，關節周圍組織纖維化，出現關節疼痛、腫脹、強直、畸形，甚至骨折。痛風石沉積與高尿酸血症的程度及持續時間密切相關。一般認為，痛風發病年齡越小、病程越長、血尿酸水準越高、關節炎發作越頻繁，早期發作時治療效果越差，就越容易出現痛風石。