烹飪原料在加工前，通常需要進行修整、擇剔、清洗等處理，以去除不能食用的部分、寄生蟲卵、微生物和泥沙等。如果加工方式不當，會造成原料營養素流失，流失是指在某些物理因素作用下，營養素通過蒸發、滲出或溶解而丟失。
整理過程中營養素的變化與保護
植物性原料在修整、擇剔時容易造成浪費，同時導致一些較重要的營養素丟失。如擇菜時丟棄菜葉（如蔥葉、青筍葉、芹菜葉、香菜葉等）會造成營養素的浪費，因為蔬菜葉所含的營養素往往高于菜心，如青筍葉中的維生素C含量比青筍本身高3～4倍，除老黃的葉子不能食用外，其餘葉子可以炒、拌、涮等。在加工藕時，將藕節丟棄也是一種比較浪費的做法，藕節經過刮洗後同樣可以入菜。雖然藕節和藕在性味、功用上大致相似，但藕節更側重止血功效，如流鼻血者可滴入藕節汁以止血。這就要求我們最大限度地利用、保護原料，做到物盡其用。
清洗過程中營養素的變化與保護
清洗烹飪原料時，要做到「潔養兼顧」，過度追求清潔衛生，容易造成營養素的流失，如水溶性維生素（維生素B1、維生素B2、煙酸等）和礦物質（鈉、鉀、鐵、磷、氯等），經過滲透和擴散作用從原料中析出而轉移到水中。經淘洗後的大米，維生素可損失30％～60％，礦物質損失約25％，蛋白質損失約10％，碳水化合物損失2％。而且米加工越精，淘米次數越多，浸泡時間越長，水溫越高，營養素的損失越大。應盡量減少淘洗次數，一般為2～3次，不要用流水沖洗或用熱水淘洗，不宜用力搓洗。
各種原料應堅持先清洗後切配的原則，做到洗切有序。刀工成形以後的原料尤其是水果蔬菜類，部分礦物質和維生素會從刀口滲出，水果蔬菜類原料應在改刀前清洗，不要在水中長時間浸泡，洗的次數不宜過多，洗淨泥沙即可，以防止營養素流失。以新鮮綠葉蔬菜為例，先洗後切其維生素C僅損失1％，而切後浸泡10min，維生素C損失達16％～18.5％，且浸泡時間越長，維生素損失越多。對氧和光敏感的維生素在初加工過程中也容易損失。
動物性原料在加工過程中應避免長時間浸泡在水中，以防止營養素分散於水中。動物性原料加工成片、丁、絲、條、塊等形狀後不要再用水沖洗或在水中浸泡，以避免營養素隨水流失。尤其要指出的是，在「滑炒肉絲」類菜餚的製作過程中，為了追求成品菜餚色澤潔白，通常採用先切後漂洗的方法，這種方法極易造成營養素的流失。
另外，漲發乾貨原料或漂洗原料也存在浸泡時間越長，用水量越大，水溶性營養素流失越多的情況。
切制過程中營養素的變化與保護
切制過程中，會造成原料細胞破裂，導致部分汁水滲出，同時原料表面積增大，增大了與水、空氣的接觸面，從而引起維生素與礦物質的損失。原料的切制不宜過小、過碎，應做到粗細相應。在不影響成菜質量的情況下，切制後原料體積應稍大。若切得過小、過碎，一方面容易造成原料營養素的流失；另一方面，營養素通過刀口與空氣中的氧接觸的機會增多，造成營養素被氧化破壞。蔬菜中所含維生素C是最容易受損失的，其損失程度與蔬菜切制後的形狀大小有直接關係，切制過碎會加速營養素的氧化破壞。如小白菜，切段炒後維生素C的損失率為31％，而切絲炒後損失率為51％。尤其是含維生素C、維生素A、維生素E、維生素K、維生素B1等對氧敏感較多的原料不宜切制過小過碎。
搭配過程中營養素的變化與保護
搭配不合理容易造成營養素的損失或影響人體對營養素的消化吸收。有些原料中含有的一些抗營養因子，若配菜不當，會造成營養的損失，影響人體對營養素的吸收。如將含鞣酸、草酸、植酸多的原料與含蛋白質、鈣類高的原料一起烹制或同食，則可形成鞣酸蛋白、草酸鈣、植酸鈣等不能被人體吸收的物質，從而降低了食物的營養價值。如菠菜豆腐、蔥拌豆腐等，菠菜等原料中所含草酸容易和豆腐中的鈣結合形成草酸鈣，從而影響人體對鈣的吸收。
另外，某些金屬離子可加速維生素的破壞，如銅離子、鐵離子可加速維生素C的破壞。一般來講，烹飪用具以選用鐵製或不鏽鋼鍋為好。存放未加添加劑的菜、肉、雞、魚等原料，以玻璃容器或瓷器為好。
食物中鐵的有效性也容易在加工中下降。一方面，食品中的亞鐵通過空氣中的氧氣被氧化為高鐵；另一方面，可溶性的鐵轉化為植酸鐵和草酸鐵，導致吸收利用率下降。
知識拓展：蔬菜的清洗方法
1．冷水清洗
蔬菜上的泥土雜物一般用清潔的冷水都能洗淨，並能保持蔬菜的新鮮整潔。清洗時，根據原料汙穢的程度，採用直接清洗、先浸後洗、邊沖邊洗等方法，直到洗淨為止。
2．溫水清洗
如在天氣寒冷時，蔬菜上的泥汙和雜物用冷水不易除淨，最好用溫水清洗，但水不可過熱，以避免綠色蔬菜受到影響。
3．鹽水清洗
鹽水洗滌有殺菌消毒的作用，如放在2％～3％的食鹽溶液中浸洗，可更有效地去除蟲卵等。4．鹼水清洗
溫水或冷水中加些食用鹼或小蘇打，不僅能洗淨蔬菜，而且還能洗掉蔬菜上的殘留農藥，但在這個過程中要注意營養素的保護。