發酵類食物是人類巧妙地運用有益微生物加工製造的一類食品，經過發酵使原料中原有的營養成分發生改變併產生獨特的風味。簡單來說，加入的微生物就像一臺小加工機，對原料的每個細胞進行處理，增加營養物質，去除無益物質，改變原料味道和質地。
主食發酵過程中營養素的變化與保護
主食製作宜酵母發酵，因為糧穀類經發酵後更有利於消化吸收。在麵糰中添加發酵膨鬆原料，經過反應，形成具有海綿狀空洞結構的麵糰，成品具有膨鬆柔軟的特點。根據所使用的膨鬆劑，主要分為生物膨鬆麵糰和化學膨鬆麵糰兩大類。在麵糰中引進酵母，使之發酵膨鬆的麵糰，又叫發酵麵糰。麵糰的發酵有老酵母發酵與鮮酵母發酵兩種方法。在酵母的發酵過程中，澱粉在澱粉酶的作用下水解成麥芽糖。酵母本身可以分泌麥芽糖酶和蔗糖酶，將麥芽糖和蔗糖水解成單糖。老酵母發酵方法是中國傳統的發酵方法，即將含有酵母的麵糰引入大塊麵糰中，引發成大塊發酵麵糰的方法。其中有一過程為加鹼中和，鹼與麵糰中雜菌產生的酸類結合，生成乳酸和碳酸，再分解為二氧化碳和水，既去除了酸味，又輔助發酵，使麵糰松發，而鮮酵母發酵則無須加鹼。
化學膨鬆麵糰是將化學膨鬆劑引入麵糰，加熱分解產生氣體，形成多孔性狀的麵糰。膨鬆劑品種較多，主要有小蘇打、發酵粉以及鹽、鹼、礬的結合劑等。這些化學膨鬆劑受熱分解，可產生大量二氧化碳氣體，使成品內部結構形成均勻緻密的多孔性，從而達到疏鬆的目的。
盡量使用優質鮮酵母發酵麵糰，微生物發酵麵糰使酵母菌大量繁殖，從而增加B族維生素的含量。同時，麵糰發酵過程中產生的乳酸、碳酸、醋酸，可以破壞麵粉中植酸，使之分解，防止植酸與鈣、鐵、鋅等礦物質反應生成不溶於水的植酸鹽，從而更有利於人體對無機鹽的吸收，也就是發酵麵糰比水調麵糰更易消化吸收的道理。製作發酵麵糰時，澱粉水解成葡萄糖和麥芽糖後，酵母才能發酵，而直鏈澱粉不易被水解，所以糯米等含直鏈澱粉較多的原料不宜用於製作發酵製品。總體來說，發酵麵糰更有利於人體的消化、吸收，但在發酵過程中，加鹼過多會破壞麵糰中的大量維生素。
糧穀類原料除製作主食外，也可通過發酵製作甜麵醬及米醋等調料，牠們當中富含蘇氨酸等成分，可以在一定程度上防止記憶力減退。另外，醋的主要成分是多種氨基酸及礦物質，牠們有降低血壓、血糖及膽固醇的效果。
副食發酵過程中營養素的變化與保護
豆、肉、奶等原料也可進行發酵，肉和奶等動物性食品，在發酵過程中可將原有的蛋白質進行分解，易於消化吸取。微生物還能合成一些B族維生素，尤其是維生素B12，動物和植物自身無法有效合成，利用微生物發酵生產是一種比較好的途徑。在發酵過程中，微生物保存了原來食品中的一些活性成分，如多糖、膳食纖維、生物類黃酮等對機體有益的物質，還能分解某些對人體不利的因子，如豆類中的低聚糖、脹氣因子等。微生物新陳代謝時產生的不少代謝產物，多數有調劑機體生物功能的作用，能抑制體內有害物的產生。豆類發酵製品包括豆瓣醬、醬油、豆豉、腐乳等。發酵的大豆含有豐富的抗血栓成分，它可以有效地溶解血液中的血栓等物，起到防範動脈硬化、降低血壓之功效。豆類發酵之後，能參與維生素K的合成，這樣可以使骨骼結實，防止骨質疏鬆症的發生。優酪乳酪含有乳酸菌等成分，能抑制腸道腐敗菌的生長。優酪乳還含有可抑制體內合成膽固醇還原酶的活性物質，能刺激機體免疫系統，調動機體的積極因素，有效地防範癌症。所以，經常飲用優酪乳，可以增加營養，防治動脈硬化、冠心病及癌症，降低膽固醇。運用乳酸菌發酵的食品，可調整腸道內菌群的平衡，增加腸蠕動，使大便維持通暢，防止大腸癌，防止動脈發生硬化等的發生。發酵食品脂肪一般含量較低，再加上發酵過程中要消耗碳水化合物，所以也是減肥人士的首選健康食品。