宗教迫害
猶太人主要是在羅馬帝國時代開始向世界各地流散的。他們為什麼會在這個時期離開巴勒斯坦，流散到世界各地呢？除了我們在前面談到的猶太人起義遭到羅馬帝國的殘酷鎮壓，耶路撒冷被毁之外，還有一個重的原因，這就是基督教的產生，並在後來成了羅馬帝國的國教。
基督教的創始人耶穌本人也是一個猶太人，這種新宗教在開始時是作為猶太教的中一個異端派別出現的。因此，它的傳播受到了猶太教正統勢力的敵視。據基督教的《新約聖經》記載，保守的猶太教公會對耶穌進行了審判，並將他交給了羅馬總督彼拉多。而彼拉多認為耶穌煽動人們起來造反，便把他釘死在十字架上。耶穌死後，基督教在羅馬帝國內的下層群眾中迅速傳播。羅馬統治者先是對基督教進行嚴厲的鎮壓，宣布它是非法的宗教。但到了西元四世紀初，在鎮壓無效的情況下，統治當局改變了對基督教的態度，羅馬皇帝君士坦丁宣布接受基督教，後又進一步將它作為帝國的國教。巴勒斯坦成了基督教占優勢的地方，耶路撒冷、伯利恆、加利利等都建起了教堂，在全國許多地方建立了修道院。
基督教產生和傳播時，正好是猶太人在同羅馬人進行浴血戰鬥的時候。其實，早期的基督教和猶太教一樣，都是與羅馬帝國當時占統治地位的多神教相衝突的，都是受壓制的宗教。然而，當後來基督教成為羅馬帝國的國教之後，由於猶太教與基督教之間的淵源關係和兩者在教義上的分歧，再加上有關耶穌之死等問題，基督教便成了羅馬統治者迫害猶太教徒的一種工具，猶太人也成了帝國內基督教徒仇視和攻擊的對象。基督教脫胎于猶太教，這是一個不可迴避的事實，但這一事實卻使基督教統治者很不舒服。他們一開始希望猶太人能改變信仰，承認耶穌是新救世主，並接受基督教；當這樣做不成功時，他們乾脆採取「殺人滅口」的做法，宣揚猶太人是上帝唾棄的民族，對其進行殘酷的精神和肉體折磨，甚至屠殺。
因此，有許多猶太人是為了逃避宗教迫害而離開巴勒斯坦的，他們都想盡量遠離基督教的羅馬帝國。所以，他們逃向了巴比倫、阿拉伯、北非、波斯、印度等地，因為這些地方不屬於基督教的範圍。還有那些去到了歐洲的猶太人也盡量往當時基督教還未傳播到、仍被稱為「蠻族」地區的西班牙、法國、德國和北歐等地移動。所以說，早在基督教還沒有傳入歐洲的大部分地區之前，猶太人就已在這裡居住和活動。
然而，從五、六世紀起，猶太人在歐洲的生活很快就變得艱難了起來，因為基督教不久就傳遍了整個歐洲。這些猶太人就又成了歐洲各地基督教徒們敵視的目標，這種敵視往往變為大規模的迫害。他們常常是生活在充滿仇恨的環境里，在社會上受到各種各樣的限制，還時常被迫從一個地方遷移到另一個地方。從西歐到東歐，再從東歐到西歐，他們找不到一塊可以長期棲身和立足的土地。
十字軍東征
11世紀後期，一些去耶路撒冷朝聖的基督教徒向羅馬教廷訴說，他們在前往聖地的旅途中受到了穆斯林的種種刁難和騷擾，聖地也遭到了那些異教徒的破壞和褻瀆。於是教廷在法國的克萊芒召開了一次會議，號召基督教徒向巴勒斯坦進軍，去消滅穆斯林，奪回耶路撒冷聖地，以救贖自己的靈魂。這樣便開始了長達幾個世紀的「十字軍東征」。
1099年，第一次十字軍在對耶路撒冷圍困了五個星期後一度攻陷了它，隨後對該城的非基督教居民進行野蠻的屠殺，並在巴勒斯坦建立了一個拉丁王國。但是，十字軍並未能真正打敗東方的穆斯林，卻給歐洲各地的猶太人帶來了巨大的苦難。這些由烏合之眾組成的十字軍去到東方後遭到了當地人民的英勇抵抗，往往損失慘重，鎩羽而歸。一些基督教徒突然發現，其實他們並沒有必要跑到遙遠的巴勒斯坦去進行聖戰，不信基督教的猶太人就在身邊，向他們開戰同樣可以救贖自己靈魂，而且他們還有豐厚的財產。「殺死一個猶太人，以拯救你的靈魂！」成了許多十字軍成員的口號。於是，成群結隊的基督教狂熱分子便紛紛對在歐洲各地的猶太人發動了攻擊，強迫他們改信基督教，一旦遭到拒絕便施之武力。毆打、屠殺、驅逐、洗劫財物，在歐洲許多地方都發生這樣野蠻的暴行。
在高壓下，少數猶太人違心地接受洗禮，變成了基督教徒。但大多數猶太人卻寧死也不肯改變自己的信仰，在歐洲和近東的不少地方都發生了猶太人遭到基督教徒集體屠殺的事件。還有一些猶太人採取了自殺的方式來保持自己的尊嚴。為了不違反教規，他們也是挑選出少數人來殺死多數人，然後他們再自殺。他們都被認為是為了信仰而犧牲的宗教烈士。一次次的十字軍東征後來都演化成了的大規模反猶活動，先後有數萬名猶太人在十字軍浪潮中喪生。在外界的壓力下，猶太社團內部的凝聚力也空前加強了。
十字軍的浪潮過去之後，歐洲各國猶太人的景況也沒有多少改變，他們仍生活在漫漫的長夜之中。不少國家都頒布了專門針對猶太人的法令，如限制他們的自由，要求他們繳納額外的稅賦，規定他們不得從事某些職業，禁止他們成為國家的官員，禁止他們佔有土地等。而基督教會還常常會以各種莫須有的罪名來指控他們，例如說他們殺死小孩用來祭神，說他們用基督教徒的血來做逾越節的無酵餅，說他們傳染麻瘋病、黑死病、鼠疫等可怕的瘟疫，等等。
「馬拉諾」和大驅逐
多數猶太人都不願意改變信仰。在一些情況下，他們雖然在表面上屈服於外界的壓力，但他們在內心深處並不承認自己的低下。因此，基督教會就想盡量從精神上傷害他們，消滅他們的自尊心。1215年，羅馬天主教會宣布，所有猶太人必須佩帶表明其猶太身分的徽記才能在街上行走，違者將被處以死刑。而佩帶著這種猶太徽記，也就意味著低人一等，隨時都會受到人們的羞辱，常常會成為石塊、汙物、唾沫襲擊的對象。
各國的統治者還常常根據自己的好惡和需要，動輒驅逐猶太人。法國國王1182年宣布驅逐其境內的所有猶太人，沒收他們的全部財產。但不久之後又把他們召了回來，因為猶太人是法國稅收的主要來源。英國也在1253年宣布，除了少數作為王室奴僕的猶太人外，把其他所有猶太人驅逐出英格蘭和威爾士，但他們的財產卻一律不準帶走。後來，這似乎成了一種規律：每當某個國家的統治者需要錢時，他就會下令驅逐猶太人，沒收他們的財產。而當某個國家沒有了財政來源，或者需要猶太人的技能和頭腦時，又會允許猶太人重新前來定居。據猶太歷史學家統計，在中世紀和近代的歐洲，猶太人遭到的這種集體驅逐達34次之多！
規模最大也是最澈底的驅逐行動發生在西班牙。從13世紀起，基督教勢力就開始從北嚮南地重新征服西班牙。凡是被基督教徒征服的地方，猶太人的生活狀況都迅速惡化，只要他們不改變信仰，受洗成為基督教徒，就會受到迫害甚至遭到屠殺。僅1391年，就有大約十萬西班牙猶太人在反猶暴亂中喪生。也就是從這一年起，大批的猶太人開始被迫改信基督教。
為了區別於原來的基督教徒，這些新改宗的猶太人被稱為「新基督教徒」，又被稱為「馬拉諾」。「馬拉諾」一詞在西班牙語中的意思是「豬」，反映了當時西班牙和葡萄牙的基督徒對這些新改宗者的鄙視。而這些被迫改宗的猶太人往往在表面上信奉了基督教，但在內心中仍然覺得自己是猶太教徒，因為三千年流傳下來的文化、信仰和生活習俗是不可能通過一、兩代人就能完全改變的。在基督教的暴力威脅下，他們表面上接受了基督教，而秘密地信仰猶太教。他們一般只在內部婚嫁，保持著猶太人的許多生活習俗，過猶太節日，甚至偷偷地舉行猶太宗教儀式。
這些馬拉諾引起了基督教會的注意，由於馬拉諾的人數不少，便影響到了基督教的純潔性，進而對基督教本身也構成了威脅。於是，基督教會建立了「宗教裁判所」，對所謂的「偽信者」用酷刑審訊，一旦發現秘密保持猶太教信仰的馬拉諾就處以火刑。不少馬拉諾慘死在這種「宗教裁判」制度下，另有許多馬拉諾只得紛紛外逃。在宗教裁判所存在的三個多世紀里，在西班牙和葡萄牙共有四十萬人受到審判，其中的三萬人被處死。這種宗教裁判制度直到19世紀才最後結束。
當然，也有大量的猶太人即使在殘酷的歧視和迫害面前仍不願意改宗。1492年，當西班牙南端的最後一個伊斯蘭國家格拉納達被基督教征服後，西班牙國王費迪南和王后伊莎貝拉為了在全國統一天主教信仰，便頒布法令，規定猶太人要麼改宗成為基督教徒，要麼必須在三個月內離開西班牙。約有五萬名猶太人受洗成為了基督教徒，大約有20萬名不願改宗的猶太人被迫離開了西班牙。在經過了幾百年的發展後，當時西班牙猶太人家庭大多數都已比較富裕，但他們離開時卻不允許帶走金銀等值錢的東西。他們在留下了住宅和幾乎所有財產後，悲慘地流落到地中海沿岸的其他國家—摩洛哥、埃及、土耳其、巴勒斯坦和義大利，還有一大批人暫時逃到葡萄牙，後又轉到荷蘭和東歐。
早在第二聖殿後期，猶太人就已開始逐漸北上，他們經黑海來到克里米亞、烏克蘭、俄羅斯、立陶宛和波蘭等地，建立了一些古老的猶太社團。當時這些地方都還沒有對猶太人的歧視和迫害。尤其是在波蘭，當地統治者一開始很歡迎猶太人，因為當時波蘭境內地廣人稀、經濟落後，猶太人來到後使波蘭各地的商業貿易都繁榮了起來。10世紀後，德國猶太人也從西邊不斷東移，進入波蘭。當地統治者為了吸引更多的猶太人前來，甚至還頒布了一個保護猶太人的法令。這樣，在很長一個時期里，波蘭便成了吸引西歐、北歐猶太人的一個避難所。西歐的猶太人在遭到迫害和驅逐後，便踏著德國猶太人的足跡源源不斷地不到波蘭。到17世紀中期，波蘭的猶太人已達到了50萬，是當時世界上猶太人口最集中的地區。
1492年西班牙對猶太人的大規模驅逐，是猶太人的一場巨大的民族災難，使中世紀在西班牙繁榮了七百年的猶太人社團消失了，使猶太民族主體又一次大流動，從西歐轉移到了東歐和地中海東南沿岸。到十五世紀末，除了當尚未統一的義大利和德國外，猶太人已基本上被趕出了西歐。
猶太人的「隔都」
自從猶太人離開巴勒斯坦，流散到歐洲和其他地方之後，他們往往集中在一起居住，以便在受到迫害時可以相互照應。開始時，他們這種聚居是主動和自願的。1180年羅馬教廷頒布了一項歧視性法令，規定猶太人必須與基督教徒分開居住。在很長的一個時期里，生活在義大利的猶太人與基督教徒之間的關係還比較友好，當法國、英國等地的猶太人遭到驅逐後，義大利一度還成了他們的避難所。到了1516年，在義大利的小國威尼斯，當局發布了一個命令，要求威尼斯城的所有猶太人都必須集中到一個指定的區域內居住。這個地方的名稱叫作「Ghetto」，意為「鑄造廠」，因為當時這裡是一個鑄造槍炮的地方。這個居住區四周有牆將它與城市的其他部分隔離開來，只有一個有兩扇厚實大門的入口，由基督教徒看守，天黑後基督教徒就不得再進去，猶太人也不能再出來。以後，人們把這種在一個城市中劃出來強迫讓猶太人集中居住的區域都稱為「Ghetto」，中文譯為「猶太隔離區」，或者根據其音譯為「隔都」。
不久後，規定猶太人只能居住在隔都里的做法很快傳到了義大利的其他地方，後來又傳到歐洲各基督教國家，在許多城市裡都有了猶太隔都。隔都成為法定的猶太人居住區，每天早開晚關。
另外，每逢基督教節日、猶太教節日，猶太人也不得出來。而且猶太隔都的範圍一經劃定，當局一般是不允許其擴大的。所以猶太隔都內常常是人滿為患，居住條件十分惡劣，衛生也極差，而且因住房越蓋越高，很容易失火。義大利等地的猶太隔都里就曾多次發生慘重的火災。另外，生活在隔都里的猶太人除了一般的稅收外，而要向當局多繳納一種特殊的人頭稅。
儘管隔都是一種歧視性的做法，但是，在社會上備受欺凌的猶太人還是願意生活在隔都內，因為這裡畢竟是他們自己的一個小天地。隔都內的猶太人實行自治，猶太教會堂和學校是隔都生活的中心。他們可以在隔都內保持他們的宗教信仰、文化習俗，讓他們的孩子接受猶太教育。當時猶太人常常說，「隔都里的孩子可能會沒有食物，但他們決不會沒有教育」。實際上，隔都成了猶太人免受外界侵擾和避免同化的一種保護措施。
另外還有約十萬猶太人和「馬拉諾」從西班牙和義大利嚮東進入了奧斯曼帝國。他們安頓下來後，很快又蓬勃發展了起來，使奧斯曼土耳其成了一個新的猶太中心。他們在奧斯曼帝國的經濟、文化發展中作用顯著，一些人還取得了顯赫的地位。如從葡萄牙逃亡而來的猶太婦女格拉西阿·門德斯不僅建立了一個以君士坦丁堡為中心的龐大的國際商業網，而且還非常熱心帝國的公益和慈善事業。她的侄兒約瑟夫·納西除了經商外，還從事政治活動，成了蘇丹的親信和外交顧問，參與了許多重要的政治決策。
中世紀是猶太人歷史上非常黑暗的一個時期。他們在歐洲受到欺凌和迫害是難以形容的。然而，儘管猶太人在迫害面前看上去唯唯諾諾，逆來順受，但實際上他們在精神上始終是樂觀的、自信的，甚至可以說是高傲的。他們虔誠地信仰著猶太教，相信他們是上帝的「特選子民」，一切苦難都不過是過眼煙雲，只不過是上帝對他們的錯誤的懲戒。他們認為，救世主（彌賽亞）將會降臨，猶太人最終將得到拯救，他們的民族最終將會繁榮，他們的子孫將如「天上的眾星」，將如「地上的塵沙」一樣繁多。他們認為這一切都是天意，而不是人的行為，所以沒有必要怨天尤人。
也正是在這種精神力量的支持下，猶太人在頻繁的艱苦磨難面前始終保持著信心。財產被沒收了，通過自己的努力再重新斂聚創造；被從世代居住的地方驅趕了出來，找一個新的地方再重建家園；雖然他們在肉體上受到折磨，在外表上受到基督教統治者的輕蔑和唾棄，但他們在精神上卻是高傲的。只要精神不死，猶太民族就不會滅亡。