電子對抗萌芽於20世紀初無線電通信應用於軍事鬥爭之後。1904～1905年日俄戰爭中，就出現了對無線電通信的偵察和採取無線電靜默的反偵察行動；第一次世界大戰中，電子對抗的主要形式是對無線電通信的偵察測向和定位，無線電干擾僅偶爾實施；第二次世界大戰期間，雷達、無線電導航設備和無線電通信設備在戰爭中廣泛應用併發揮了巨大的作用，為了對付這些電子設備所帶來的巨大威脅，英國、美國、德國等一些國家發展了削弱或破壞這些電子設備的手段，如偵察、告警和干擾技術等，並為此研製生產了數十種專用的電子對抗設備和器材，相繼組建了電子對抗專業部隊。與此同時，變頻、擴展頻段和活動目標顯示等各種反干擾技術也相應發展並在作戰中使用。
1940年不列顛之戰中，英國利用干擾發射機轉發德國的無線電導航信號，使德國夜襲轟炸機受騙，其轟炸效果降低了80％。1943年7月下旬，英國在空襲德國城市漢堡時，首次投放了大量雷達無源干擾器材—箔條，使德軍防空雷達系統受到嚴重干擾。1944年6月，盟軍在法國諾曼底登陸前，綜合運用多種電子對抗手段，結合火力摧毁，破壞了設在法國沿海一帶的德國全部干擾臺和80％的雷達站。登陸時，對登陸地域殘存的德軍雷達和通信聯絡進行了干擾壓制，而在佯動方向，運用欺騙干擾手段模擬了一支進攻加萊的大型幽靈艦隊和掩護機群，對造成德軍統帥部錯誤判斷聯軍登陸方向，取得登陸成功起了重要作用。大戰後期，在歐洲戰場、大西洋戰場和太平洋戰場，英、美、蘇、德、日等國都頻繁應用電子對抗，保障戰役、戰鬥行動。
20世紀50年代中期以後，電子技術、航天技術和飛彈技術飛速發展，各種運用電子技術控制和制導的火炮、飛彈等廣泛裝備部隊，並在越南戰爭、中東戰爭等局部戰
爭中應用，從而促進了電子對抗的全面發展。無人駕駛偵察飛機、電子偵察衛星等各種偵察工具相繼投入使用，電子對抗偵察活動一直在不間斷地進行。針對各種武器制導和控制系統的應用，發展了各種欺騙性干擾技術。研製了專門摧毁雷達的反輻射飛彈；專用電子對抗飛機等數百種電子對抗裝備器材陸續裝備部隊；各種抗干擾能力強的新體制電子設備，如頻率捷變雷達、相控陣雷達、跳頻電臺等不斷湧現。
中東戰爭中通信干擾的成功運用，以及擴展頻譜通信等各種抗偵察干擾能力強的通信技術和指揮、控制、通信系統在軍事上的廣泛運用，使通信干擾重新受到重視，併產生了指揮、控制和通信對抗的新概念。光電對抗的出現又進一步擴展了電子對抗的領域。
在歷次局部戰爭中，電子對抗都發揮了重要作用。如1967年第三次中東戰爭中，埃及海軍飛彈艇發射了6枚「冥河」艦艦飛彈，由於沒有受到任何電子干擾而全部命中目標，擊沉了以色列「埃拉特」號驅逐艦。但在1973年第四次中東戰爭中，以色列採用發射箔條火箭干擾「冥河」艦艦飛彈，使埃、敘發射的幾十枚飛彈無一枚命中目標。
1982年貝卡谷地戰鬥中，以色列對敘利亞的地空指揮通信和飛彈制導雷達等實施干擾，並使用精確制導武器和反雷達飛彈進行攻擊，使敘利亞蒙受重大損失。戰爭的經驗教訓引起了世界各國軍隊的重視。不少國家組建、擴建了電子對抗部隊，建立健全了電子對抗管理機構，在提高海軍、空軍電子對抗能力的同時，重視和加強了陸軍電子對抗能力的建設，積極研製和採購電子對抗裝備，研究發展新的抗干擾技術，並且加強部隊在電子對抗條件下的戰鬥演練，以提高電子對抗作戰能力。
隨著電子技術在軍事上的廣泛應用，電子對抗的範圍將由地面、海上、空中向外層空間擴展，電子對抗將成為干擾指揮自動化系統和武器控制系統的重要手段，並向軟殺傷和硬殺傷緊密結合的方向發展；對抗的重點仍是與武器系統緊密結合的電子設備和制導、搜尋的設備；對抗手段將從單一對抗發展為綜合對抗；隱形技術將獲得廣泛應用；繼續發展具有自適應能力的一體化電子對抗系統和反偵察、反干擾能力強的新體制電子設備；改進和發展反輻射飛彈，研究新的反輻射摧毁手段；廣泛採用模擬訓練，以提高部隊的電子對抗作戰能力。