關於占領地區的爭論
在六天戰爭中，以色列取得了極其輝煌的勝利，奪得了埃及的西奈半島、敘利亞的戈蘭高地以及巴勒斯坦的加沙地帶、約旦河西岸和耶路撒冷舊城。這些地區加在一起總面積達81，600平方公里，是以色列原有國土面積的4倍。在這些新占領的地區，共居住著100多萬巴勒斯坦阿拉伯人，其中約旦河西岸的人口約為60萬，加沙地帶人口為36萬，東耶路撒冷約有6.6萬，西奈半島人口約為4萬，戈蘭高地0.6萬（多數為德魯茲人）。另外，此次戰爭中，又有大約40萬巴勒斯坦人逃到其他阿拉伯國家，成為新的難民。
以色列軍隊在短短的幾天中就奪取了如此大面積的土地，然而，以色列對於如何處置這些地區卻沒有任何思想準備。因此，在六天戰爭之後的很長一個時期里，如何對待和處理占領地區，是整個以色列社會激烈爭論的主題。對於多數人以色列人來說，新占領的阿拉伯土地只不過是給他們在談判中增加了討價還價的砝碼，這些土地並不屬於他們，以色列對這些土地的控制只是暫時的。還有的人主張，既然戰爭已經結束，以色列軍隊就應該儘快撤離那些地區。但另一方面，也有一些狂熱的民族主義者（包括貝京領導的自由運動）從一開始就認為，約旦河西岸和加沙地帶（甚至包括西奈半島）在古代就是猶太國家的一部分，猶太人這些地區有著「歷史的權利」，既然他們現在已獲得了這種權利，就不能再放棄它。他們甚至不願意使用「約旦河西岸」這一名詞，而將其稱為「撒馬利亞和猶地亞」。隨著時間的推移和以色列對耶路撒冷舊城的成功吞併，支持這種「寸土不讓」的狂熱民族主義觀點的人數逐漸增加。
另外還有一種觀點認為，以色列應該保持對其中一些具有戰略意義的地區的占領，將牠們作為維護安全的戰爭縱深，而可以考慮放棄那些戰略價值不大的地區。持這種觀點的代表人物為當時任副總理的伊格爾·阿隆，他提出了一個著名的「阿隆計畫」，主張在那些不考慮放棄的、具有重要戰略意義的地區建立一些猶太人定居點。這一觀點實際上在相當長的時間裡也是以色列工黨政府的立場。在1967年底舉行的一次記者招待會上，外交部長梅厄夫人闡述了以色列政府的觀點，認為此次戰爭已使1949年以一阿之間的停火協議失效，因此1949—1967年間的邊界已不復存在，現在只有通過面對面的直接談判才能重新確定以色列與阿拉伯鄰國之間的邊界。
然而，多數阿拉伯國家卻根本不願意同以色列談判。8月28日在喀土穆召開的阿拉伯國家首腦會議決定一致對以色列採取「三不政策」，即不承認以色列，不與它直接談判，不同它締結和約；埃及、約旦和敘利亞都表示將繼續同以色列進行鬥爭，為收復失地而戰，其他阿拉伯國家將從精神和物質上給予牠們全力支持。這樣一來，實際上加強了以色列國內強硬派長期占領奪得的土地的立場，並使其成了以色列的國家政策。
東、西耶路撇冷的合併
根據聯合國1947年的巴勒斯坦分治決議，耶路撒冷將實行由國際共管。但是當1949年第一次阿一以戰爭結束時，耶路撒冷被分割成了東西兩半，東邊的舊城被約旦奪得，西部的新城在以色列的控制下。以色列議會1949年曾宣布耶路撒冷為它的首都，但這並沒有得到國際普遍承認。而且由於這裡處於軍事對峙前沿，以色列國家的政治、經濟、文化中心實際上是在特拉維夫。
耶路撒冷的分裂持續了19年，直到六天戰爭才結束。在奪取東耶路撒冷的戰鬥中，以軍付出了很大的代價。由於位於東耶路撒冷的舊城在歷史上同猶太民族和猶太教有著密切關係，因此對於許多以色列人來說，奪取該城是一個具有特殊意義的勝利，也是一個令人激動的時刻。一個隨軍記者寫道：
「士兵們聚集在哭牆下，這些疲憊、滿身灰土、帶著各種武器的士兵。有的頭上身上還裹著帶血的繃帶，他們敬畏地注視著這堵高牆，許多人孩子般地淚流滿面。他們緊貼著牆上的石頭，撫摸牠們，親吻牠們—·—。一位肩披祈禱巾的軍營拉比吹起了羊角號。默默的流淚變成了抽泣和哽咽，這是悲哀、激動、喜悅和痛苦混合在一起的眼淚。」
當天中午，國防部長達揚、總參謀長拉賓等人就來到猶太聖地「哭牆」參加祈禱儀式，達揚發表了簡短的演說，聲稱：「我們回到了我們聖地中最神聖的地方，我們將決不再同它分開」。下午，總理艾希科爾等政府要員也前來耶路撒冷舊城視察。
戰爭結束後不到三個星期，即6月27日，以色列議會通過了三項法案：一、正式宣布東西耶路撒冷合併，將統一的耶路撒冷作為以色列的首都；二、擴大耶路撒冷市的管轄區域，將南到伯利恆，北抵臘馬拉的地區（包括大約七萬阿拉伯居民）從約旦河西岸劃出來，併入「大耶路撒冷市」；三、保護聖地地位，保護各大宗教自由進人其聖地和進行宗教活動的權利。不久後，耶路撒冷市政當局撥款對舊城進行修葺，將「哭牆」附近的數十戶阿拉伯居民遷走，在那裡開闢了一片廣場，以便猶太人前來禮拜和祈禱。另外當局還在舊城內強行遷走了200多戶阿拉伯居民，恢復了1949年以前的猶太居住區。
阿拉伯世界對以色列強行合併東耶路撒冷的做法反應十分強烈，紛紛發表聲明進行抗議和譴責。聯合國大會也於7月4日以99票對0票通過決議，宣布以色列對東耶路撒冷的吞併無效。其後，聯合國大會和安理會又多次通過決議，反對以色列吞併東耶路撒冷和改變該城現狀。在這種情況下，包括美國在內的西方國家在耶路撒冷問題上都較為謹慎，既沒有正式承認該城是以色列的首都，也沒有將牠們的使館從特拉維夫遷到耶路撒冷來。儘管以色列在其他問題上還表現出一定的靈活性，但在耶路撤冷問題上卻始終十分強硬，堅持統一的耶路撤冷是其不可分割的首都。
對占領地區的控制和管理
除耶路撒冷外，以色列沒有改變其他占領地區的法律地位，而是採取軍事占領的辦法對牠們進行管理。所有占領地區都統一由國防部和軍方管理，在約旦河西岸北部和南部（以色列人稱之為撒馬利亞和猶地亞）、加沙、西奈、戈蘭都駐紮軍隊，分別設立了軍事指揮中心，由當地駐軍每天派出小分隊到各阿拉伯居民區進行巡邏，並通過經常頒布一些軍事法令來維持治安。
約旦河西岸和加沙地帶在1947年聯合國分治決議中是劃給巴勒斯坦人建國的土地，只是後來分別被約旦和埃及占領，這兩個地區人口稠密，而且緊鄰以色列人口中心，因此以色列對這兩個地區的管理不同於對西奈半島和戈蘭高地的管理。首先是實行嚴格的軍事管制，軍事指揮官就是當地的最高行政長官；其次是實行阿拉伯人的社區自治，阿拉伯人管理他們自己的宗教、司法、教育、衛生、郵政等內部事務。由於約旦河西岸與約旦的特殊關係，根據達揚的建議，以色列允許西岸地區繼續與約旦保持一定的聯繫，繼續實施約旦法律，允許約旦貨幣第納爾與以色列貨幣謝克爾同時流通。同時，在約旦政府的默許下，實行「開放橋梁＂政策，即允許約旦河東西兩岸的居民通過約旦河上的一座橋梁保持人員和貨物來往。
以色列本土與占領地區之間也保持開放，但由於阿、猶之間的互相戒備，雙方的來往實際上並不多。但一方面由於以色列與占領地區經濟存在著巨大差異，另一方面以色列也確實存在著勞動力不足，越來越多的阿拉伯人早出晚歸到以色列來做工。到1968年，就有約1.5萬來自西岸和加沙的阿拉伯人到以色列來做工，到1973年這一數字上升到13—14萬人。在占領地區的100萬阿拉伯人中，至少有34萬人是1948年戰爭中逃離以色列控制區的難民。除了少數人外，以色列當局仍堅持不允許他們返回原籍的政策。在六天戰爭之後的六年裡，以色列當局一共只批准了約4萬阿拉伯人從約旦河西岸等地返回他們1948年前的家鄉定居。
西奈半島和戈蘭高地人煙稀少，以色列的占領相對來說要簡單一些。它更多地是從軍事安全的角度來管理和控制這兩個地區的。自1968年初開始，以色列人逐漸意識到對於占領地區必須有長期打算，於是出現了在占領地區修建猶太人定居點的主張。起初，修建定居點的目的是便于防禦，但後來成了極端民族主義為了建立「大以色列」而對土地實行「有效占領」的手段。根據沿約旦河修建若干猶太人定居點、形成一條安全走廊的「阿隆計畫」，從1968年到1973年間，以色列在約旦河西岸（包括東耶路撒冷）修建了17個猶太人定居點，在戈蘭高地修建了19個定居點。每個定居點一般有數百名男女定居者生活，他們往往都是狂熱的領土擴張主義者，都有自己的武裝。他們一邊在當地從事農業生產，一邊進行軍事訓練，參與防禦活動。
安理會242號決議1967年11月22日，聯合國安理會以英國提出的一項提案為基礎，通過了安理會第242號決議。
242號決議的主要內容是：強調不容許以戰爭獲取領土，必須致力於公正與持久的和平；要求以色列軍隊撤出戰爭中占領的全部領土；要求該地區各國終止一切好戰言論或交戰狀態，尊重並承認該地區各國的主權、領土完整和政治獨立，以及牠們在不受武力或以武力相威脅的、安全和得到承認的邊界內和平生存的權利；保證該地區國際水道的航行自由；公正解決難民問題。
242號決議實際上是一個有關各方相互妥協的產物，它既照顧到了阿拉伯國家要求以色列撤軍的願望，又照顧到了以色列要求阿拉伯國家承認其生存的權利，它提出的原則成為後來解決阿以衝突的基礎。該決議雖然要求以色列撤出戰爭中占領的阿拉伯領土，但同時也要求阿拉伯國家承認以色列的生存權利，實際上也默認了以色列1967年以前的邊界。這是對1947年聯合國巴勒斯坦分治決議的調整。然而，在當時阿以嚴重對立的情況下，阿以雙方都沒有接受和履行242號決議，而且敘利亞和巴勒斯坦解放組織等還明確表示反對這個決議。
安理會決議還建議任命一個特別代表，與有關國家保持接觸。於是聯合國秘書長吳丹便邀請瑞典駐蘇大使雅林為特別代表，前往中東協調各方立場。雅林於1967年12月到1969年3月在以色列、埃及、約旦等國之間來往了數十次，最後並未能取得什麼成果。1970年6月，美國國務卿羅傑斯提出一項以242號決議為基礎，雙方互相承認，以色列撤軍，在由雅林主持談判的計畫。雖然埃及、約旦和以色列先後都接受了這一計畫，但由於雙方談判中立場相距甚遠，最後也以失敗告終。
消耗戰
六天戰爭結束後不久，以色列和埃及之間就又爆發了新的衝突。由於這種衝突沒有升級為全面戰爭，但卻持續不斷地進行了幾年，因此被稱為「消耗戰」。
以色列占領西奈半島後，其防線延伸到了蘇伊士運河東岸，這樣「消耗戰」便主要是沿蘇伊士運河兩岸展開。1967年10月，以色列的一艘驅逐艦被埃及用飛彈擊沉，死傷150人，隨後以色列進行了報復，摧毁了蘇伊士附近的兩座煉油廠，也造成近百人傷亡。此後，埃以雙方的槍擊炮擊事件不斷發生，有時發展到空中打擊；雙方還時常派突擊隊潛入對方控制區開展騷擾、襲擊和破壞活動。這場消耗戰是埃及發動的，其目的有三：一是防止以色列把蘇伊士運河作為其國境線，二是提高本國軍民士氣，三是增加以色列方面的人員傷亡，使其無法承受占領西奈付出的沉重代價。埃以之間的消耗戰從1967年一直持續到1971年初。以色列確實在消耗戰中遭受了很大的損失，共死亡513人，傷700多人，相當於六天戰爭傷亡人數的60％。而埃及方面的損失更慘重，僅死亡人數就高達5，000人，傷者更是難以統計，經濟損失也非常巨大。到後來，實際上雙方都不願再將消耗戰持續下去了。
以色列的另一個重要威脅是巴勒斯坦游擊隊。在六天戰爭中，巴解組織也受到了沉重打擊，其執委會主席舒凱里被迫辭職。1968年7月，巴勒斯坦各派代表在開羅開會，修改了《巴勒斯坦國民憲章》，強調「武裝鬥爭是解放巴勒斯坦的唯一正確途徑」，並明確提出要消滅以色列。阿拉法特當選為新的執委會主席，從而擺脫了過去完全依附於埃及的狀況，成為一支獨立的政治力量。巴解組織不斷以約旦為基地，對以色列境內進行襲擊和騷擾，也不時在歐洲等地搞一些對針對以色列的恐怖活動。巴解的活動給以色列造成了不少傷亡，以色列不時也進行報復性還擊，但對巴解「打了就跑」的戰術卻感到很頭疼。直到1970年發生約旦政府軍與巴解游擊隊大規模衝突的「黑九月事件」之後，巴解被逐出了約旦，以色列受到的威脅才有所減小。
1969年2月，以色列總理艾希科爾突然去世，工黨內部就總理人選進行了協商，確定由果爾達·梅厄出任總理，從而避免了達揚與阿隆之間的一場權力鬥爭。1970年9月，埃及總統賽納爾也因心臟病而突然去世，由副總統薩達特繼任總統。隨著阿以新領導人的上臺，雙方的衝突也進入了一個新的時期。