1 基礎研究的投入要做大，基礎研究經費的分配要「公」。
政府要繼續增加基礎研究的投入，提高其占中央財政投入的比重。同時，要逐步提高基礎研究投入占R&D經費的比例，建議從目前的5％，到2010年達到8％，力爭到2020年達到15％。
建議把「知識創新工程」做大，並向高等院校開放，畢竟高等院校是知識創新體系中最重要的組成部分。
在基礎研究經費的分配上要做到四個「公」：公開、公平、公正、公信。
2 基礎研究經費的管理者(部門、機構)和執行者（部門、機構），要講效率、效益和效果
建議國家基礎研究計畫、項目和經費，從一些效率低、效益低、效果差的管理者(部門、機構)和執行者（部門、機構）那裡轉移到效率高、效益高、效果好的管理者(部門、機構)和執行者（部門、機構）那裡來管理和執行。在基礎研究經費上的任何腐敗行為，化公為私，收受回扣，鋪張浪費，都愧對納稅人的行為。
3 要建立公共科技項目的公共問責制（public accountability，又問效制）。
公共科技經費的管理者和執行者，不僅要對「上」——領導負責，也應對「下」——公眾負責。對公共科技經費的使用，要加強財務監督。要使公眾對公共科技項目有更多的知情權，參與科技，監督科技。公共科技項目要對公眾有公開的交待。建議建立重大公共科技項目的新聞發言人制度。出現重大的、惡性的科學不端行為，相關責任人必須被請出來對公眾有一個說法。有關部門對科研不端行為案子的處理，建議本著「抓大放小」原則。
4 基礎研究要「大」「小」兼顧。
大科學項目要搞，小科學項目也要搞；大團隊要建設，更要支持小團隊建設；對「大人物」，可以錦上添花，但建議要對其中央財政課題經費實行封頂；對「小人物」，要雪中送炭，建議給他們經費上撒點胡椒麵。
5 基礎研究要既出成果，也要出人才。
基礎研究的成果要努力上「書架」，也要努力上「貨架」，實現產業化。出人才方面，既要出青年後備人才，也要出將才和帥才。
6 基礎研究評價要善用「不出版便出局」（publish or perish）機制。
基礎研究評價指標，不能光看publication（論文著作等出版物），也要看people（人才培養）、project（課題）、patent（專利）、presentation（會議報告），prize（獲獎）。對基礎研究的評價，不僅要看基礎研究的結果，而且要看基礎研究的process（過程）。要允許失敗。評價對象，不能僅僅是針對從事基礎研究的人員和機構，而且要針對基礎研究計畫或項目或經費的管理部門。
7 要以人為本，尊重人才，善待人才
要創造一個寬鬆的工作氛圍，不要讓研究人員產生「過勞死」的壓力。
8 基礎研究要發揮競爭機制的作用，也要重視誠信和諧環境的建設。
9 基礎研究要立足本土，也要加強國際合作。
10 基礎研究要有頂天立地的目標，也要有開天闢地的高遠境界。