「三玄」是魏晉時期人們對先秦典籍《老子》《莊子》《周易》三部書的總稱。「三玄」一詞始見於北齊顏之推的《顏氏家訓·勉學篇》：「洎于梁世，茲風復闡，《莊》《老》《周易》，總謂三玄。」茲風指玄學清談之風。梁代清談復盛，《老子》《莊子》《周易》之學從而再興。
「玄」這一概念源於《老子》「玄之又玄，眾妙之門」，是奧妙莫測之意。揚雄也講玄，他在《太玄·玄摘》說：「玄者，幽摘萬類，不見形者也。」王弼《老子指略》說：「玄，謂之深者也。」稱《老子》《莊子》《周易》為「三玄」，是因牠們含有非常深奧的學問。魏晉玄學研究這種學問，所以有玄學之名。當時的玄學家無一不從事三玄之學的研究。例如：何晏作《道德論》：王弼注《老子》《周易》，著《老子指略》與《周易略例》；阮籍尤好莊、老與周易，作《通老論》《達莊論》和《通易論》；嵇康自稱「老子莊周，吾之師也」；向秀、郭象則注《莊子》。
魏晉三玄之學已與先秦的《老子》《莊子》《周易》不同，主要表現在：
首先，先秦的《易》學屬於儒家系統，魏晉玄學則以老莊解《易》，是儒道結合的產物。王弼的《周易注》和《周易略例》就是以老莊解《易》的典型代表作。其次，先秦的《老子》《莊子》是反對儒家禮教的，而魏晉玄學家所解釋的《老子》《莊子》，除嵇康、阮籍之外，一般是調和儒道，或主張儒道合一的。例如，王弼用老子的思想解釋《論語》，認為名教（儒家禮教）是自然的表現，郭象則認為名教即是自然，在他的學說中，儒家與道家是合二而一的。
如果追溯這兩種差別出現的原因，我們就必須要回顧當時的歷史環境。魏晉玄學是在漢代儒學衰落的基礎上，為了彌補儒學不足而產生的。從漢武帝時期的董仲舒提出「罷黜百家、獨尊儒術」到東漢漢章帝《白虎通》將其無限神化，儒家思想一直是漢代占統治地位的官方哲學，由皇帝欽定並頒布天下，有著至高無上的權威。東漢末年，社會矛盾激化，黃巾起義爆發，東漢王朝覆滅，儒學也受到沉重的打擊，「舊居之廟（指孔廟），毁而不脩，褒成之後，絕而莫繼，闕里不聞講頌之聲，四時不睹蒸嘗之位」（《三國志·魏書·文帝紀》）。兩漢經學隨之衰落。漢代經學，經注煩瑣，人不得其要領，神學粗糙，易被識破。到魏晉時期，統治階級無法再沿用前代的官方哲學，不得不建立新的理論來克服這些毛病。此時，玄學興起，哲學思辨精緻簡約，在政治上繼承了漢儒尊崇孔子的思想，同時在哲學上拋棄了漢代的天人感應的神學目的論說教，將老莊哲學進行改造以對儒家名教作新的理論上的論證，從而調和了儒道兩者的思想，彌補了漢代儒學的不足，一躍成為顯學高論，風行於世。
關於這一點，北大哲學教授、著名國學大師湯用彤先生做過精闢的論述。他認為魏晉的思想體現為「本體之學，為本末有無之辨」，它貴尚玄遠，其特點是稍略于具體事項，而究心於抽象的原理。與先秦諸子的百花齊放對比，玄學的重點，則在於融會貫通儒道兩家，刑名之論，陰陽家之說，則被儘可能的忽略掉；同漢代學術的質實相比，魏晉玄學則把形而上的哲理放在高位，論事辯理，不帶俗氣，別有風骨；它承襲儒道兩家的精華，又接引外來的佛教，使得般若經與《老》《莊》在一個自由的氛圍里對話，奠定了佛學在下一個世代里聲勢顯赫的基礎：天台華嚴，雙峰競秀，是中國古典哲學的巔峰。最後，《老子》《莊子》，在哲學上原皆主張「有生於無」之說；魏晉玄學所解釋的《老子》《莊子》，講「以無為本、以有為末」或萬物的自生獨化。
老子認為，「有」為看得見的具體事物，「無」即是看不見的「道」，為萬物的本源。「有」由「無」產生。《老子·四十章》：「天下萬物生於有，有生於無。」到了魏晉玄學這裡，「有無」問題已經成為中心。以何晏、王弼為代表的玄學貴無派把「無」當作世界的.根本和世界統一性的基礎，提出了「以無為體」的本體論思想。他們認為，在形形色色的多樣性的現象背後，必有一個同一的本體，否則多樣性的現象就雜亂無章無以統一，並認為這個本體即是無。在他們看來，「有」不能作為自身存在的根據，「有」只能依賴於本體「無」才能存在。崇有論者則反對貴無思想，否認無能生有，認為有是自生的，自生之物以有為體。郭象既反對「無中生有」說，亦反對有必「以無為體」說，主張有之自生說，並認為「有」是各個獨自存在的，不需要一個「無」作為自己的本體。把萬物都看作是自生獨化的，一切都獨化于玄冥之境，表現出神秘主義思想傾向。